В 1994—1995 годах — заместитель министра лесной промышленности РФ. В дальнейшем работал заместителем председателя Российской государственной лесопромышленной компании «Рослеспром» и вице-президентом акционерного общества «Российские лесопромышленники».
В конце 1990-х — начале 2000-х годов занялся недвижимостью. Начал создавать крупные бизнес-центры на территориях закрывающихся московских заводов, реконструируя их по собственным эскизам.
В 1999—2000 годах — начальник управления Министерства Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства.В 2000 году — начальник главного управления лесного фонда Министерства природных ресурсов РФ.В 2003 году был награждён Благодарностью Правительства Российской Федерации.В 2005—2009 годах — депутат Московской городской думы.По итогам 2011 года компания А.А. Ковалёва «Экоофис» заработала на сдаче недвижимости в аренду $55 млн, заняв 23-е место в рейтинге крупнейших рантье журнала Forbes Russia.
Выступает в защиту малого бизнеса. В октябре 2019 года назначен амбассадором штаба по защите бизнеса СВАО Москвы.
В 2021 году создал «Общероссийское движение предпринимателей», направленное на создание благоприятной бизнес-среды, защиту прав и интересов предпринимателей, стимулирование развития предпринимательской активности в России.